Ngày 14 tháng 5 năm 1641, Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan chuyển cho Trịnh Tráng biết rằng họ đã sẵn sàng cử tàu tới phối hợp cùng quân Trịnh xâm chiếm Đàng Trong. Tháng 11 cùng năm, hai tàu Hà Lan là chiếc Gulden Buis và Maria de Medici bị đắm ở vùng biển Đàng Trong, sát Cù lao Chàm. 82 người Hà Lan sống sót đều bị bắt giam ở Hội An và chính quyền tịch thu cả hai chiếc tàu. Đầu năm 1642, một sứ thần của Đàng Ngoài đã sang Batavia yêu cầu Công ty bắt giữ thật nhiều người Đàng Trong ở Touran (Đà Nẵng), phía Hà Lan đã bắt được tổng cộng 120 người và ngỏ ý muốn trao đổi với những người Hà Lan đang bị chúa Nguyễn Phúc Lan giam giữ. Tuy nhiên, trong khi phía Hà Lan đã thả hết người thì phía Đàng Trong từ chối trả người nếu Công ty Đông Ấn không chịu giao luôn viên đại diện của họ Trịnh. Phía Hà Lan từ chối vì không muốn bỏ rơi sứ thần Đàng Ngoài. Đàm phán thất bại và phía Hà Lan giữ luôn 2 người được chính quyền Nguyễn ở Phú Xuân cử đi (1 ông quan và 1 thông dịch viên tên là Francisco). Sau đó, đại diện Hà Lan là Jacob Van Liesvelt nhổ neo về Batavia.

Tháng 5 năm 1642, Công ty Đông Ấn Hà Lan cử 5 tàu cùng 125 thủy thủ và 70 binh lính do Jan Van Linga chỉ huy đi lùng bắt dân chúng Đàng Trong ở ven biển và dọa sẽ giết hết một nửa và đem những người còn lại về Tongking (Tonkin/Đàng Ngoài) nếu đề nghị của họ bị bác bỏ trong 48 tiếng. Sau đó, tất cả bọn họ tiến lên phía Bắc, nơi biên giới với Đàng Ngoài và chờ quân Trịnh tới phối hợp (nhưng rất ít người tin quân Trịnh sẽ xuất hiện).

Ngày 3 tháng 5 năm 1642, người Hà Lan cập vịnh Quy Nhơn, đốt nhà và kho thóc rồi bắt 38 người. Jan Van Linga quyết định dùng vũ lực để giải quyết dứt khoát chuyện Đàng Trong bắt giữ và giam cầm những người Hà Lan lúc trước. Dù vậy, họ chỉ bắt được thêm 11 người trong 10 ngày sau đó. Jacob Van Liesvelt đề nghị tiến tới Cù lao Chàm để bắt thêm người nhưng sau vụ Quy Nhơn, cư dân tại đây đã báo cho quan trên và trinh sát của chúa Nguyễn Phúc Lan đã phát hiện được đoàn thuyền Hà Lan nên khi vừa tới nơi, mới bước lên bờ thì Jacob Van Liesvelt cùng 150 binh sĩ dưới quyền đã bị tấn công và hạ sát. Ngày 16 tháng 7 tại Touran (Đà Nẵng), phía Hà Lan giết 20 con tin và sau đó đi tới Đàng Ngoài. Tại Đàng Ngoài, Chúa Trịnh đã tuyên bố ông có cử quân đi đánh Đàng Trong nhưng phải rút lui do người Hà Lan không tới. Mặc dù vậy thì Đại Việt sử ký toàn thư không có ghi chép nào cho thấy có chuyển quân ở Đàng Ngoài và Đại Nam thực lục tiền biên cũng không ghi lại hoạt động quân sự gì ở Đàng Trong cùng thời điểm.